Entre los aztecas el lugar donde la planta crece o se encuentra es muy importante para la descripción. La información incluía el suelo o el tipo de terreno de donde se obtenía la planta, si era de lugares montañosos o lugares pantanosos, si crecía en el bosque, también el clima del área, si nacía en lugares templados o si el lugar no estaba domesticado por el hombre, si la encontraron en lugares rurales o cultivados. Todos estos factores sobre la localización de la planta eran muy importantes para identificarlo y llevar a cabo su taxonomía y clasificación.
La propiedad temporal con la que cuenta la planta era sumamente importante para determinar su uso, ya que usualmente se utilizaban para tratar los opuestos complementarios, como ejemplo, lo caliente para tratar el frío, lo seco para tratar lo húmedo y viceversa.
Este tipo de clasificación para las distintas plantas y sus usos se ha logrado mantener hasta la actualidad, y la clasificación de estas plantas se dividía de la siguiente manera:
- Epífitas: A estas se les llaman cuamekatl.
- Herbáceas: A estas se les llaman xihuitl.
- Plantas leñosas y árboles: Ellas son conocidas como cuahuitl.
- Hierba comestible: A estas se les llaman kilitl.
- Xochitl: Hace referencia a una flor por lo que se le considera como una planta ornamental.
Eran muy pocas las plantas recolectadas que podían ser pajtli o de curación para su identificación taxonómica, ya que la planta podía considerarse de otro tipo.
Hay marcadas diferencias entre las áreas montañosas y de la costa, así como entre las zonas de irrigación y de agricultura de temporal dentro de la región (Ruvalcaba Mercado 1998a, 1998b). Muchos ríos, como el Vinazco, el Moctezuma y el Tamuín fluyen de las montañas de la Sierra Madre hacia el Golfo de México, proporcionando abundante agua a la región. Sin embargo, durante ciertos meses secos del año hay muchas áreas alrededor de Amatlán que casi no reciben nada de agua, ya sea de los arroyos o de la lluvia.
Aunque esta región tradicionalmente ha estado asociada con cerros empinados y valles profundos, el área donde se encuentra Amatlán se caracteriza por cerros ondulantes y planicies. La abundante lluvia durante la época de aguas ha dado origen a un denso bosque tropical en las áreas bajas y al bosque de roble y fresno en las tierras altas (Chamoux 1987; Escobar Ohmstede 1998; Farfán Morales 1988; Oliver Vega 1988; Sandstrom 1978), lo que ha dado lugar a una gran biodiversidad de plantas y animales (Villaseñor, Ibarra, y Ocaña 1998). Hay aproximadamente 600 especies de plantas medicinales que han sido registradas en la región (Avendaño Reyes 1994). Algunas de las plantas que se encuentran en esta área incluyen al aguacate (Persea americana), la ceiba (Ceiba pentandra), la papaya (Carica papaya), la datura (Datura candida), distintos tipos de guajes (Crescentia alata), el bambú (Arthrostylidium racemiflorum), la caoba (Swietenia humilis), la guayaba (Psidium guajava), y los chiles (Capsicum spp.), entre muchas otras.
Todas estas plantas son domesticadas, aunque muchas de ellas se encuentran en lo que queda del bosque; la mayoría han sido modificadas por la gente y son cultivadas en sus jardines domésticos. De hecho, las que se encuentran en el bosque secundario, como la caoba, la ceiba y el bambú, son especies marginales que indican la perturbación humana a largo plazo (Anna C. Roosevelt, comunicación personal 2005). Salud y Enfermedad Entre los Nahuas Los nahuas de esta región tradicionalmente han visto a la enfermedad y a la salud como cambios dinámicos en el cuerpo. La salud se mantiene cuando el cuerpo está en equilibrio, y la enfermedad llega cuando se pierde este equilibrio (Ortiz de Montellano 1987; Sandstrom 1991; Signorini y Lupo 1989; Viesca Treviño 1986). Las más comunes causas de enfermedad para los actuales nahuas son los espíritus llamados ehecatl. Estos espíritus pueden meterse al cuerpo de una persona y traer mala fortuna, enfermedad o hasta la muerte. Este concepto etiológico puede asociarse fácilmente con la causa popular de «malos aires» encontrada en buena parte de Mesoamérica. El tratamiento para la enfermedad entre los nahuas consiste en una serie de técnicas para sacar al espíritu ofensivo del cuerpo del paciente, incluyendo complejos rituales donde se usa una combinación de oraciones, invocaciones, plantas medicinales y figuras antropomorfas hechas de papel recortado. Una parte importante del ritual es la «barrida» o limpieza ritual, por medio de la cual el cuerpo es limpiado de los espíritus que causan la enfermedad. El especialista en la curación restaura el balance quitando al espíritu del cuerpo de la persona. Se hacen ofrendas a los espíritus ofensivos, quienes son persuadidos a salir y exhortados a dejar el cuerpo.